A Associação Educativa Evangélica (AEE) foi fundada no dia 31 de março de 1947, por Antônio de Oliveira Brasil, Archibald Tipple, Arthur Wesley Archibald, Dayse Fanstone, James Fanstone, Newton Wiederhecker, Nicola Aversari, Severino Araújo e William Benister Forsyth, missionários e líderes evangélicos, sob a liderança do Reverendo Arthur Wesley Archibald, tendo como tarefa fundamental contribuir com a educação e a formação de crianças, jovens e adultos da região de Goiás. Na ocasião, a AEE adquiriu e passou a administrar o Colégio Couto Magalhães, criado em Anápolis no dia 1º de fevereiro de 1932.

Criada inicialmente para fundar e manter escolas rurais e urbanas em todos os níveis, a AEE é uma Instituição Confessional, francamente cristã evangélica, de caráter interdenominacional, que tem nas Escrituras Sagradas a sua única regra de fé e prática, e marca presença com a fundação de escolas em diversas cidades do Estado de Goiás. No nível básico, o Colégio Couto Magalhães, em Anápolis, o Colégio Álvaro de Melo, em Ceres, o Educandário Nilza Risso, a Escola Luiz Fernandes Braga Júnior, o Normal Regional e o Sítio de Orientação Agrícola, em Cristianópolis, estes quatro últimos desativados, ao longo do tempo, fazem parte da sua atuação nesse segmento de ensino.

Durante a década de 1960, no contexto da interiorização do desenvolvimento provocado pela transferência da capital federal para a Região Centro-Oeste, e a partir da abertura propiciada pelo governo federal para o credenciamento de novas Instituições de Ensino Superior, a AEE criou sua primeira faculdade, a Faculdade de Filosofia Bernardo Sayão (FFBS), com a oferta dos cursos de Letras, História, Geografia e Pedagogia em Anápolis, autorizada pelo Conselho Federal de Educação em 27 de fevereiro de 1961, pelo Decreto Nº 50.301. No final da década, no dia 18 de março de 1969, foi criada a Faculdade de Direito de Anápolis (FADA), pelo Decreto Nº 64.204.

Na década de 1970 o processo de expansão de novos cursos continuou, quando em 23 de novembro de 1971, foi igualmente autorizada a Faculdade de Odontologia João Prudente, pelo Decreto Nº 69.593. A Faculdade de Filosofia do Vale do São Patrício, situada em Ceres-GO, foi autorizada a funcionar pelo Decreto Nº 76.994, de 7 de janeiro de 1976, ofertando os cursos de Letras e Pedagogia.

Com o desenvolvimento institucional e a necessidade de ampliar a atuação no ensino superior, em meados de 1980 foram criados os primeiros projetos de Pós-graduação Lato Sensu, ofertando variados cursos para atender as mais diversas áreas e a coordenação ficou sob a responsabilidade dos cursos de graduação.

A década de 1990 marcou o processo de fortalecimento Institucional e as primeiras iniciativas de unificação das faculdades isoladas. Assim, em 1993, por força de seu Regimento Unificado, aprovado pelo Parecer do Conselho Federal de Educação (CFE) Nº 401, publicado no DOU de 18 de junho de 1993, as faculdades criadas até então, foram transformadas em Faculdades Integradas da Associação Educativa Evangélica (FAEE). Essa década caracterizou-se pela ampliação das instalações e pela oferta de novos cursos, tais como Administração, Educação Física e Enfermagem, em Anápolis e Ciências Contábeis, em Ceres.

No processo de fortalecimento da interface entre ensino e pesquisa foi criado em 1997 o Núcleo de Pesquisa e Pós-Graduação (NPPG), com o objetivo de desenvolver cursos de Aperfeiçoamento, de Atualização e de Pós-Graduação Lato Sensu nas diferentes áreas de atuação das Faculdades Integradas da Associação Educativa Evangélica. A partir de 2001 o NPPG deu início à implantação do Programa Institucional de Bolsas de Iniciação Científica, tendo como objetivo incentivar os melhores talentos das Faculdades Integradas, visando o desenvolvimento de seu potencial de pesquisa e à melhoria na qualidade de ensino da Instituição. Essa política pioneira do NPPG selecionou 25 projetos de pesquisa das suas unidades.

No início do século XXI, a política institucional de fortalecimento do ensino superior da AEE continuou o processo de expansão e abertura de novos cursos. Em 2002, deu-se a oferta do curso de Fisioterapia e a ampliação do número de vagas para Educação Física e Direito.

Convicta da relevância de sua proposta educacional e de sua missão institucional, fundamentada em valores cristãos, éticos e democráticos, as Faculdades Integradas da Associação Educativa Evangélica foram credenciadas como Centro Universitário de Anápolis, sediado em Anápolis e com unidade descentralizada na cidade de Ceres-GO, em 15 de março de 2004, por meio da Portaria Ministerial Nº 628, publicada no D.O.U. Nº 52, de 16 de março de 2004. Em decorrência de seu credenciamento, a Instituição criou, nesse mesmo ano, o curso de Sistemas de Informação.

Buscando fortalecer os projetos institucionais de pesquisa, foi criado em 2004 o Comitê de Ética em Pesquisa (CEP) do Centro Universitário de Anápolis (CEP-UniEVANGÉLICA), obtendo credenciamento pela Comissão Nacional de Ética em Pesquisa (CONEP) em 2005, por meio do processo Nº  40.3451/2004-3.

Em 2005, foram criados os cursos de Ciência da Computação, Farmácia e licenciatura em Biologia. A criação do Núcleo de Educação a Distância (NEAD) marcou a iniciativa institucional nessa modalidade de ensino com a oferta de cursos de extensão e seminários. Nesse mesmo ano foi adquirida a Faculdade Raízes com atuação voltada para o Curso de Direito.

O Programa de Pós-Graduação em Sociedade, Tecnologia e Meio Ambiente (PPGSTMA), com o Mestrado, em 2006, marca o início da oferta de cursos próprios de Pós-Graduação Stricto Sensu do Centro Universitário. Foram criados os Cursos Superiores de Tecnologia em Gastronomia e Radiologia.  Nesse ano, o Centro Universitário de Anápolis filiou-se à Associação Brasileira das Universidades Comunitárias (ABRUC).

O Curso de Direito do Campus Ceres foi criado em 2007. Nesse mesmo ano foi adquirida a Faculdade Betel de Goianésia, posteriormente denominada Faculdade Evangélica de Goianésia (FACEG).

Em 2008, foram criados os cursos de Medicina e Engenharia Civil, além dos Cursos Superiores de Tecnologia (CST) em Gestão Financeira, em Produção Sucroalcooleira e em Redes de Computadores. Inicia-se o Mestrado Interinstitucional em Educação, por meio de parceria firmada com a Universidade Católica de Goiás (UCG).  Foi criado o Núcleo de Inovação Tecnológica (NIT), com o objetivo de incentivar a inovação e o empreendedorismo entre os pesquisadores da UniEVANGÉLICA.

Em 2009, iniciou-se o Programa de Incubação de Empresas - UniINCUBADORA, mantido pela AEE e parceiros de fomento, destinado a empreendedores com ideias de criação de produtos, processos ou serviços, de caráter inovador e tecnologia social, em busca de orientação técnica gerencial para transformá-los em negócios.

Em 2010 foi criado o Mestrado Interinstitucional em Direito, por meio de parceria firmada com o Centro Universitário de Brasília (UniCEUB), com a finalidade de formar profissionais para atender demanda regional de mestres em Direito. Nesse mesmo ano, por meio da Resolução CAS Nº 9, visando o desenvolvimento da pesquisa e a melhoria da qualidade dos periódicos publicados na Instituição, foi criado o Portal de Revistas da UniEVANGÉLICA, hoje, Portal de Periódicos da UniEVANGÉLICA. Nesse ano ainda foram criados os cursos de bacharelado em Agronomia, Engenharia Mecânica e Curso Superior de Tecnologia em Estética e Cosmética.

Também em 2010 a Instituição iniciou projeto pioneiro visando capacitar docentes e acadêmicos para desenvolvimento de suas habilidades em segunda língua. Esse projeto para o ensino da língua inglesa por meio da oferta do curso de extensão intitulado “English for Life”, foi marco para a criação de política institucional de internacionalização. Pouco tempo depois, em 2012, foi criado o Centro de Línguas da UniEVANGÉLICA, espaço destinado ao desenvolvimento de habilidades linguísticas, com ênfase no ensino de línguas em inglês, espanhol, francês, Libras e português para estrangeiros. Neste mesmo ano o Centro de Línguas ofertou o primeiro período de imersão em língua inglesa por meio de parceria firmada com a organização missionária cristã Wycliffe Associates, dos Estados Unidos.

Em 2012 a instituição iniciou o programa ComVocAÇÃO, que além do caráter confessional, com a divulgação de valores e princípios cristãos para todos os estudantes do Centro Universitário de Anápolis, é momento em que todos os cursos se reúnem para discussão de temas motivacionais, confessionais, políticos, econômicos e artísticos, relevantes para a vida e desenvolvimento da sociedade, bem como prevenção ao uso de álcool e outras drogas.

Em 2013, considerando a política de internacionalização acadêmica e confessional da AEE, cria-se o Núcleo de Assuntos Internacionais (NAI), por meio da Portaria CAS Nº 51/2013. Neste mesmo ano foram criados os cursos de Ciências Contábeis e Psicologia.

Em 2014 criou-se o curso de bacharelado em Ciências Biológicas. O Centro Universitário de Anápolis implantou, no campus Ceres, o curso de Engenharia Civil.

Em 2015 a AEE adquiriu a Faculdade FACER com unidades em Rubiataba, Ceres e Jaraguá, que pertenciam ao Centro Ensino Superior de Rubiataba (CESUR). Posteriormente, foram denominadas Faculdade Evangélica de Ceres (FACER), Faculdade Evangélica de Jaraguá (FEJA) e a Faculdade Evangélica de Rubiataba (FER).

Em 2016 a Diretoria de Educação a Distância substituiu o Núcleo de Educação a Distância, ampliando sua atuação, com a finalidade de ofertar cursos Livres, de Graduação, e de Pós-Graduação na modalidade a distância, além de disciplinas online para cursos presenciais. Consolida-se a política de inovação por meio das ações desenvolvidas pelo NIT e UniINCUBADORA, com a inauguração do Centro de Inovação, Empreendedorismo e Tecnologia (UniCIETEC), que passou a ser um espaço privilegiado para promoção das políticas institucionais de inovação e utilização do conhecimento científico e tecnológico produzido no Centro Universitário. Tomaram posse os membros do CEUA - Comissão de Ética no Uso de Animais (CEUA/UniEVANGÉLICA), criada pela Resolução CAS Nº 8, de 18 de dezembro de 2015. Criado o Portal de Periódicos da UniEVANGÉLICA, que passou a incluir o Portal das Revistas, o Portal de Anais Eletrônicos, o Repositório Institucional e as novas ferramentas de divulgação da produção científica, artística e intelectual do Centro Universitário.

A partir de 2016 a UniEVANGÉLICA adotou um conjunto de ações visando o fortalecimento da Pós-Graduação Stricto Sensu, com destaque para a criação da Coordenação de Stricto Sensu, subordinada à Pró-Reitoria de Pós-Graduação, Pesquisa, Extensão e Ação Comunitária, com a finalidade de identificar áreas potenciais para o desenvolvimento da pesquisa e pós-graduação. Nesse mesmo ano iniciou-se a oferta do CST em Design de Interiores.

Na cidade de Senador Canedo, região metropolitana de Goiânia, a AEE criou a Faculdade Evangélica de Senador Canedo (FESC), visando a expansão estratégica da sua influência educacional no Estado de Goiás, credenciada pela Portaria MEC Nº 134 de 02/02/2017.

Em 17 de maio de 2017 a Portaria MEC Nº 639, credenciou o Centro Universitário de Anápolis para oferta de cursos na modalidade à distância.

Neste mesmo ano, o Programa de Sociedade, Tecnologia e Meio Ambiente recebeu conceito 4 (quatro) pela CAPES, credenciando o Centro Universitário a pleitear doutorado. Cumprindo a política institucional de ampliação do Stricto Sensu, foram submetidas propostas para os cursos de Mestrado Acadêmico em Odontologia, Mestrado Acadêmico Interdisciplinar em Saúde e Comportamento, Mestrado e Doutorado Acadêmico em Ciências do Movimento Humano e Reabilitação, Mestrado Profissional em Ciências Farmacêuticas e Doutorado Acadêmico em Ciências Ambientais. E foi criado o bacharelado de Comunicação Social: Publicidade e Propaganda.

A Resolução CAS Nº 89/2017 criou a Política Institucional de Pesquisa e Inovação visando consolidar ações de pesquisa que agregam graduação e pós-graduação, constituindo-se em estratégia para a inserção de pesquisadores nas redes de investigação nacionais e internacionais, além de estimular a produção e divulgação de conhecimento científico e tecnológico dos docentes e discentes, tendo como principal foco a realidade regional.

Em 2018 foram criados os cursos de Pós-Graduação Lato Sensu com caráter confessional e humanitário, integrando conteúdos acadêmicos nas diversas áreas do saber somada a cosmovisão cristã, em atenção à responsabilidade social institucional. Eles se destinam à formação e aperfeiçoamento profissional para atuação em organizações religiosas e do terceiro setor, em contextos de interculturalidade, ajuda humanitária, bem como no desenvolvimento de projetos educacionais, sociais e de valorização cultural, em uma perspectiva cristã.

Atendendo à resolução do MEC, foi criado por meio da Portaria Nº 24, de 19 de abril de 2018, no interior do Portal de Periódicos da UniEVANGÉLICA, o Repositório Institucional da AEE. Em agosto foram ofertados os cursos de graduação na modalidade online: Administração, Ciências Contábeis, Pedagogia, CST em Gestão de RH, CST em Gestão Financeira, CST em Gestão Ambiental, CST em Gestão Pública, CST em Processos Gerenciais e CST em Logística.

Em 2018 a UniEVANGÉLICA recebeu da CAPES autorização para ofertar Doutorado Acadêmico em Ciências Ambientais no Programa de Pós-Graduação em Sociedade, Tecnologia e Meio Ambiente e Mestrado Acadêmico em Odontologia pelo Programa de Pós-Graduação em Odontologia. Neste mesmo ano, foi aprovada a criação do Centro de Pesquisa e Inovação da UniEVANGÉLICA (CEPInova), complexo de infraestrutura de pesquisa que passou a integrar os laboratórios da Pós-Graduação. Foi firmado acordo de cooperação entre o CEPInova e a Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de Goiás (FAPEG) no recebimento de fomento destinado a compra de equipamentos para os laboratórios do centro de excelência.

Em 2019 a UniEVANGÉLICA implantou os cursos de Medicina Veterinária, Nutrição, Relações Internacionais e deu início o Doutorado em Ciências Ambientais e Mestrado em Odontologia.

Em junho de 2019 o Centro Universitário de Anápolis iniciou o processo com vistas à transformação de organização acadêmica para Universidade.